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/ Shareware Overload Trio 2 / Shareware Overload Trio Volume 2 (Chestnut CD-ROM).ISO / dir26 / med9407a.zip / M9470036.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-07-02  |  3KB  |  45 lines
  1.        Document 0036
  2.  DOCN  M9470036
  3.  TI    Identification of the primary site of the human immunodeficiency virus
  4.        type 1 RNA dimerization in vitro.
  5.  DT    9409
  6.  AU    Skripkin E; Paillart JC; Marquet R; Ehresmann B; Ehresmann C; Unite
  7.        Propre de Recherche 9002 du Centre National de la; Recherche
  8.        Scientifique, Institut de Biologie Moleculaire et; Cellulaire,
  9.        Strasbourg, France.
  10.  SO    Proc Natl Acad Sci U S A. 1994 May 24;91(11):4945-9. Unique Identifier :
  11.        AIDSLINE MED/94255445
  12.  AB    The diploid genome of all retroviruses is made of two homologous copies
  13.        of RNA intimately associated near their 5' end, in a region called the
  14.        dimer linkage structure. Dimerization of genomic RNA is thought to be
  15.        important for crucial functions of the retroviral life cycle (reverse
  16.        transcription, translation, encapsidation). Previous in vitro studies
  17.        mapped the dimer linkage structure of human immunodeficiency virus type
  18.        1 (HIV-1) in a region downstream of the splice donor site, containing
  19.        conserved purine tracts that were postulated to mediate dimerization,
  20.        through purine quartets. However, we recently showed that dimerization
  21.        of HIV-1 RNA also involves sequences upstream of the splice donor site.
  22.        Here, we used chemical modification interference to identify nucleotides
  23.        that are required in unmodified form for dimerization of a RNA fragment
  24.        containing nucleotides 1-707 of HIV-1 RNA. These nucleotides map
  25.        exclusively in a restricted area upstream of the splice donor site and
  26.        downstream of the primer binding site. They are centered around a
  27.        palindromic sequence (GUGCAC279) located in a hairpin loop. Our results
  28.        support a model in which dimer formation is initiated by the annealing
  29.        of the palindromic sequences, possibly by a loop-loop interaction
  30.        between the two monomers. Further experiments show that the deletion of
  31.        the stem-loop or base substitutions in the loop abolish dimerization,
  32.        despite the presence of the previously postulated dimer linkage
  33.        structure. On the other hand, deletions of the purine tracts downstream
  34.        of the splice donor site do not prevent dimerization. Therefore, we
  35.        conclude that the palindromic region represents the dimerization
  36.        initiation site of genomic RNA.
  37.  DE    Base Sequence  Binding Sites  Biopolymers  HIV-1/*GENETICS  Molecular
  38.        Sequence Data  Nucleic Acid Conformation  Nucleotides/CHEMISTRY
  39.        Repetitive Sequences, Nucleic Acid  RNA, Viral/*CHEMISTRY  Support,
  40.        Non-U.S. Gov't  JOURNAL ARTICLE
  41.  
  42.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  43.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  44.  
  45.